Durante el gobierno de Don R. Valle Riestra, la Escuela Náutica pasa a funcionar en el local de la Escuela Naval, siendo aún su objetivo, la preparación de pilotos y maquinistas. Posteriormente en el gobierno de José Luis Bustamante y Rivero, se establece la Escuela Náutica en el local de la Estación Naval de Entrenamiento en la Isla San Lorenzo, bajo la dirección de un Oficial Superior de la Armada Nacional y dependiente del Estado Mayor General de la Marina. Contaba con 12 alumnos que estudiaban por un periodo de cuatro años y en tres etapas: Preparatoria, Estudios Profesionales y prácticas a bordo. Al término de los estudios, se les otorgaba el título de Tercer Piloto o Tercer Oficial de la Marina Mercante, nombramientos otorgados por el Ministerio de Marina, siendo el Supremo Gobierno quien expedía el Despacho de Reserva Naval. Se sufragaban los gastos por el ramo de la Marina, en un 50%, el 30% por la Corporación Peruana de Vapores y el otro 20% por la Compañía Administradora del Guano.