El Virrey del Perú, Don Luis Enrique de Guzmán, Conde de Alba de Liste, fundó la Real Academia Náutica de Lima; siendo su primer Director el Cosmógrafo Mayor Don Francisco Ruiz Lozano, distinguido matemático e hidrógrafo peruano. La Academia funcionó en el Hospital del Espíritu Santo, que era el nosocomio de los marinos.

Tras la muerte de Koenig la Real Academia de Náutica se clausuró, después de 52 años de funcionamiento. Desde entonces y hasta fin del siglo XVIII, poco a poco conforme los ex alumnos de la antigua academia iban dejando el oficio, la navegación se tornó insegura por la falta de preparación de los marinos.

Durante el gobierno del virrey Francisco Gil de Taboada, Teniente General de la Real Armada, el rey Carlos IV dispuso por Real Cédula la creación de una “Academia Real de Náutica de Lima” el 1 de noviembre de 1791. En la misma fecha se creó la Capitanía de Puerto del Callao.

Después de ganarse renombrada fama, la Guerra de la Independencia afectó el funcionamiento de la Academia, uno de sus mejores alumnos y profesores, el teniente Eduardo Carrasco, había sido perseguido por sus simpatías con la causa patriota y al proclamarse la Independencia, Don José de San Martín nombró a Carrasco Director de la Academia.

Documentos de la época muestran que la Escuela Central de Marina funcionaba en Lima (Desamparados) donde todos los pilotos de matrícula del Callao y los extranjeros debían rendir examen con el Capitán de Fragata Eduardo Carrasco que era el Director.

Las guerras civiles y las de la Confederación afectaron el normal funcionamiento de la Academia, por ello el 8 de enero de este año, tras la derrota de la Confederación el Mariscal Gamarra restableció la Escuela Central de Marina, ubicándola en el local de la Biblioteca Nacional en Lima y designando al Capitán de Navío y Cosmógrafo Mayor de la República Don Eduardo Carrasco como su Director. En este mismo año se creó la Escuela Náutica de Paita.

El 25 de Octubre de este año, el Mariscal Ramón Castilla dispuso que la Escuela Central de Marina se ubique en el antiguo Hospital Naval de Bellavista y que sirva tanto a futuros oficiales de Armada como para quienes quisieran dedicarse al pilotaje. El Director continuó siendo el Capitán de Navío Don Eduardo Carrasco. La Escuela Central se trasladó de Bellavista a Lima.

El 09 de Noviembre, durante el gobierno de Don Manuel Pardo, se separan las Escuelas Náuticas por especialidades, para Aprendices y Grumetes, Preparatoria y la Naval.

Por decreto Ley N° 1509 se crea la Escuela Náutica en el Puerto de Paita, autorizando el Poder Ejecutivo la organización de esta Escuela para que cumpla debidamente el objeto de su creación.

El 04 de Febrero de este año, se aprobó el Reglamento Orgánico de la Escuela Náutica Almirante Miguel Grau, el 22 de Junio del mismo año, fue nombrado el Director de la Marina Mercante Nacional el Capitán de Navío Félix Vargas Prada.

Se dispone la reiniciación de las labores de la Escuela Náutica «Miguel Grau». Se le asigna a la Escuela un local, anexo a la Escuela Naval del Perú; bajo la dirección de mismo Director.

El 03 de Abril de este año se crea una Ley Orgánica, por la cual los Oficiales egresados de la Escuela Náutica estarán Bajo servicio o permanecerían en la Reserva Naval organizada.

Se produce el ingreso de cadetes en la Escuela Náutica de La Punta, la cual pasaría a funcionar en la Escuela Naval del Perú, a partir de 1964.

Se convoca a concurso a los residentes de otros departamentos, concurriendo postulantes de Tumbes, Iquitos y Piura. Modificándose también el título de los Cadetes Náuticos egresados de la especialidad de Ingeniería por el de Tercer Ingeniero.

Egresó; la Primera Promoción con un total de 35 Oficiales, 23 de Cubierta y 12 de Ingeniería. La Escuela funcionó; desde sus inicios y hasta el mes de Julio de 1975, en el local de la Compañía Peruana de Vapores, situada en Chucuito, donde en una construcción provisional funcionaban las oficinas administrativas, académicas, disciplina y aulas. El año 1976, en La Punta, se establece parte de la Escuela (camarotes y comedor de cadetes).

El 19 de Diciembre, el Congreso de la República aprobó la transferencia de la Escuela Nacional de Marina Mercante «Almirante Miguel Grau» al Ministerio de Defensa – Marina de Guerra mediante Ley N° 26882 manteniendo su autonomía administrativa, económica y educativa. Desde entonces la Escuela ha crecido en instalaciones y facilidades educativas, ha implementado nuevas carreras relacionadas al comercio marítimo y a graduado centenares de oficiales de Marina Mercante con un perfil académico reconocido internacionalmente.